1937年10月7日生まれ。大津市出身。幼少の頃より、父、初代山本邦山に尺八の手ほどきを受け、のち中西蝶山門下となる。1958年、京都外国語大学英文科卒業の年に師範試験登第、邦山名を襲名。その後の国内外における華麗な演奏活動には目を見張るものがあり、日本伝統芸能である尺八楽を広く世界に知らしめることに大きく貢献。作曲者としても異才を放ち、120曲を越える作品の数々は多くの尺八愛好者を生む大きな力となる。93年東京芸術大学教授に就任。